殺菌劑的作用方式有兩種：一是保護性殺菌劑，二是內(nèi)吸性殺菌劑。保護性殺菌劑在植物體外或體表直接與病原菌接觸，殺死或抑制病原菌，使之無法進入植物，從而保護植物免受病原菌的危害。此類殺菌劑稱為保護性殺菌劑，其作用有兩個方面：一是藥劑噴灑后與病原菌接觸直接殺死病原菌，即“接觸性殺菌作用”；另一種是把藥劑噴灑在植物體表面上，當病原菌落在植物體上接觸到藥劑而被毒殺，稱為“殘效性殺菌作用”。

不同的殺菌劑的作用方式也不同。在病菌侵染前施于植物表面起預防保護作用的，稱為保護性殺菌劑即保護劑；在施藥部位能消滅已侵染病菌的，稱為鏟除性殺菌劑；能被植物吸收并在體內(nèi)傳導至病菌侵染的部位而消滅病菌的，稱為內(nèi)吸性殺菌劑，許多鏟除劑也是內(nèi)吸劑，兩者大多有化學治療作用。因此，實用上常簡單地將殺菌劑分成保護性和內(nèi)吸性兩種作用方式。它們的作用機理，也可大致分為兩類：1、干擾病菌的呼吸過程，抑制能量的產(chǎn)生。2、干擾菌體生命物質如蛋白質、核酸、甾醇等的生物合成。保護性殺菌劑大多為殺菌譜廣而殺菌力較低的產(chǎn)品。內(nèi)吸性殺菌劑一般殺菌力較強，殺菌譜則較窄，其中有些品種對某種病原菌有專一的選擇毒性。由于內(nèi)吸劑在菌體內(nèi)的作用點比較單一，病菌容易由遺傳基因的突變而產(chǎn)生抗藥性。為了避免或延緩抗藥性的產(chǎn)生，通?？蛇x擇適當?shù)谋Ｗo劑和內(nèi)吸劑混合施用或輪換使用，這樣可取長補短得到較好的防治效果。在使用時應根據(jù)病害發(fā)生的特點，采取種子處理、葉面噴布和土壤處理等各種施藥方法。在工業(yè)循環(huán)冷卻水中的應用1、季銨鹽類殺菌劑：十二烷基二甲基芐基氯化銨、十二烷基二甲基芐基溴化銨、十四烷基二甲基芐基氯化銨、聚季銨鹽等。2、含氯殺菌劑：氯氣、二氧化氯、二氯異氰尿酸鈉（優(yōu)氯凈）、三氯異氰尿酸鈉等。3、過氧化物殺菌劑：雙氧水、過氧乙酸等。4、唑啉類：異噻唑啉酮、苯并異噻唑啉酮等。5、醛類：戊二醛等。