近日，中科院深海研究室劉進(jìn)賢研究組單獨(dú)進(jìn)行的畢業(yè)論文“A high-quality chromosome-level genome of the endangered roughskin sculpin provides insights into its evolution and adaptation”在國(guó)際性學(xué)術(shù)刊物Molecular Ecology Resources線上發(fā)布。該科學(xué)研究搭建了松江鱸魚高品質(zhì)的性染色體水準(zhǔn)基因，對(duì)松江鱸魚系統(tǒng)分類影響力、異倍體演變、降海產(chǎn)卵洄游及短使用壽命特性等基因遺傳體制給予了新看法。

　　外來(lái)物種的物種多樣性水準(zhǔn)、人群基因遺傳構(gòu)造及當(dāng)?shù)剡m應(yīng)能力體制對(duì)基因遺傳資源的管控與維護(hù)具備關(guān)鍵實(shí)際意義。松江鱸魚是一種大西北中國(guó)太平洋特有的一年生降海產(chǎn)卵洄游性魚種，具備關(guān)鍵的綠色生態(tài)和文化價(jià)值。在最近人類活動(dòng)危害下，其野生植物資源處在瀕臨滅絕情況，已被列入在我國(guó)二級(jí)水生物野生植物保護(hù)動(dòng)物。為修復(fù)松江鱸魚資源，全國(guó)各地最近相繼進(jìn)行了松江鱸魚人力繁殖和增殖放流工作中，但存有種苗摻雜及來(lái)源不清等問(wèn)題，因而進(jìn)行松江鱸魚基因及人群分子生物學(xué)科學(xué)研究，恰當(dāng)認(rèn)知能力其物種多樣性水準(zhǔn)、種源布局及適應(yīng)能力體制針對(duì)松江鱸魚的創(chuàng)新管理與維護(hù)工作中具備關(guān)鍵指導(dǎo)作用。

　　該科學(xué)研究運(yùn)用Pacbio-CCS測(cè)序技術(shù)融合Hi-C技術(shù)性取得成功搭建了松江鱸高品質(zhì)的性染色體水準(zhǔn)的基因，基因組尺寸為521.26 Mb, contig N50 做到2.93 Mb,  scaffold N50達(dá)到2.93 Mb，共編號(hào)21,782個(gè)遺傳基因。系統(tǒng)發(fā)育樹結(jié)果適用鲉形亞目和杜父魚亞目歸屬于鱸形目；性染色體共線性剖析揭露四次性染色體結(jié)合事情是松江鱸基因性染色體數(shù)量降低的緣故，其與造成三刺魚性染色體數(shù)量降低的三次結(jié)合事情是互不相關(guān)的；較為分子生物學(xué)剖析發(fā)覺，與細(xì)胞壞死有關(guān)的基因家族明顯擴(kuò)大，與人體免疫系統(tǒng)有關(guān)的基因家族明顯收攏，很有可能與松江鱸與眾不同的生態(tài)學(xué)特點(diǎn)（如短使用壽命）有關(guān)；與滲透濃度調(diào)整有關(guān)基因家族明顯擴(kuò)大，推斷與其說(shuō)降海洄游的生物學(xué)特性有關(guān)；好幾個(gè)與使用壽命有關(guān)的遺傳基因遭受了正挑選功效，這種遺傳基因很有可能與短使用壽命特性有關(guān)。

　　相關(guān)科學(xué)研究獲得了自然科學(xué)基金委新項(xiàng)目支助，薛東秀副研究員為畢業(yè)論文第一作者，邢輝煌等為協(xié)作創(chuàng)作者，劉進(jìn)賢研究者為畢業(yè)論文通訊作者。

　　劉進(jìn)賢課題組最近緊緊圍繞松江鱸魚維護(hù)細(xì)胞生物學(xué)，對(duì)焦松江鱸魚物種基因遺傳特點(diǎn)與適應(yīng)能力演變，選用傳統(tǒng)式分子標(biāo)記和簡(jiǎn)單化基因組研究方式，獲得了系列產(chǎn)品研究成果：查清了中國(guó)境內(nèi)現(xiàn)生松江鱸魚人群的群體基因遺傳特點(diǎn)，基本分析了其當(dāng)?shù)剡m應(yīng)能力的細(xì)胞生物學(xué)體制，確立了在我國(guó)地區(qū)松江鱸魚種源維護(hù)布局，有關(guān)科學(xué)研究結(jié)果發(fā)布在Conservation Genetics 和Genome Biology and Evolution等國(guó)際性學(xué)術(shù)刊物?？茖W(xué)研究結(jié)果豐富多彩了松江鱸魚種質(zhì)資源庫(kù)，填充了松江鱸魚分子生物學(xué)科學(xué)研究空缺，為松江鱸魚基因遺傳及維護(hù)模塊的區(qū)劃、種源的分析和基因遺傳管理制度的建立給予了科學(xué)論證。伴隨著基因組測(cè)序技術(shù)性的迅速發(fā)展趨勢(shì)，高品質(zhì)的參照基因的搭建對(duì)全方位分析外來(lái)物種基因物種多樣性及演變歷史時(shí)間，深層挖掘高品質(zhì)種質(zhì)等極其重要，也為從全基因水準(zhǔn)上進(jìn)行人群分子生物學(xué)科學(xué)研究，深入分析與物種維護(hù)及融入體制有關(guān)關(guān)鍵問(wèn)題確立了牢固基礎(chǔ)。

　　畢業(yè)論文連接：

　　Dong-Xiu Xue, Teng-Fei Xing, Jin-Xian Liu （2022）。 A high-quality chromosome-level genome of the endangered roughskin sculpin provides insights into its evolution and adaptation. Molecular Ecology Resources. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13582.

　　Yu-Long Li#, Dong-Xiu Xue#, Bai-Dong Zhang, Jin-Xian Liu （2019）。 Population genomic signatures of genetic structure and environmental selection in the catadromous roughskin sculpin Trachidermus fasciatus, Genome Biology and Evolution, 11（7）， 1751-1764. https://doi.org/10.1093/gbe/evz118.

　　Yu-Long Li, Dong-Xiu Xue, Tian-Xiang Gao, Jin-Xian Liu （2016）。 Genetic diversity and population structure of the roughskin sculpin （Trachidermus fasciatus Heckel） inferred from microsatellite analyses: implications for its conservation and management. Conservation Genetics, 17（4）， 921-930. https://link.springer.com/article/10.1007/s10592-016-0832-7.