2.5 冷激蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)特征

為更強(qiáng)掌握冷激蛋白質(zhì)潛在性的微生物作用，剖析其蛋白質(zhì)的空間布局。將海產(chǎn)品腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)的碳水化合物編碼序列遞交到PSＩPRED預(yù)測分析其二級結(jié)構(gòu)，結(jié)果見圖4。典型性的冷激蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)包括五個β伸縮，預(yù)測分析獲得的二級結(jié)構(gòu)與這一結(jié)果大概相符合，Csp1589和Csp1376二級結(jié)構(gòu)的最后一個β伸縮發(fā)生斷塊，這可能是天冬酰胺預(yù)測分析真實(shí)度太低而致。

將冷激蛋白質(zhì)的氨基酸序列遞交SWＩSS-MODEL網(wǎng)址，依據(jù)編碼序列相似度及實(shí)體模型品質(zhì)各自選擇1mjc的A鏈、5xv9的A鏈、3i2z的B鏈做為Csp1589、Csp1376和Csp2252的模版模型。隨后，用PROCHECK和verify3D對所建三級實(shí)體模型開展品質(zhì)評定。搭建的腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)三級構(gòu)造都包括五個反方向平行面的β鏈，其產(chǎn)生了一個桶狀構(gòu)造，合乎冷激蛋白質(zhì)的已經(jīng)知道特點(diǎn)。由拉氏構(gòu)像圖可看得出，針對Csp1589蛋白質(zhì)實(shí)體模型，碳水化合物處在有益地區(qū)、附加容許地區(qū)、一般容許地區(qū)及其不允許地區(qū)的量分別為88.9%，11.1%，0%和0%。針對Csp1376型蛋白質(zhì)實(shí)體模型，相匹配值各自為92.7%，7.3%，0.0%和0.0%。針對Csp2252型蛋白質(zhì)實(shí)體模型，相匹配值各自為96.1%，3.9%，0.0%和0.0%，碳水化合物所有處在有益地區(qū)和附加容許地區(qū)，實(shí)體模型品質(zhì)不錯。在Ｖerify3D結(jié)果中，針對Csp1589、Csp1376和Csp2252實(shí)體模型，均分≥0.2的碳水化合物的量分別是和100%，89.86%和100%，均分≥0.2的碳水化合物的量做到80%就覺得蛋白質(zhì)三級實(shí)體模型是符合標(biāo)準(zhǔn)的，因而，以verify3D結(jié)果看來，這3個實(shí)體模型均具備不錯的品質(zhì)。

2.6 冷激蛋白質(zhì)的互作蛋白質(zhì)及配位融合結(jié)構(gòu)域剖析

運(yùn)用STRＩNG和COACH網(wǎng)址對腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)開展剖析，獲得如圖所示6所顯示與其說密切功效的蛋白和不確定性的配位融合結(jié)構(gòu)域。針對腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)Csp1589、Csp1376和Csp2252，STRＩNG各自檢驗到5，4，10個與其說相互影響的蛋白質(zhì)（圖6）。與冷激蛋白質(zhì)Csp1589存有相互影響的蛋白質(zhì)是組氨酸蛋白激酶（ABP76854.1）、甲谷丙轉(zhuǎn)氨酶（ABP75296.1）、DNA聚合酶1（polA）、多用途融合蛋白（trpC）、伴侶蛋白（htpG）。與冷激蛋白質(zhì)Csp1376存有相互影響的蛋白質(zhì)是組氨酸蛋白激酶（ABP76854.1）、DNA聚合酶1（polA）、多用途融合蛋白（trpC）、伴侶蛋白（htpG）。與冷激蛋白質(zhì)Csp2252存有相互影響的蛋白質(zhì)是依靠ATP的Clp胰蛋白酶（ABP75948.1）、依靠ATP的Clp胰蛋白酶兼容蛋白質(zhì)（ClpS）、組氨酸蛋白激酶（ABP76854.1）、DNA聚合酶1（polA）、多用途融合蛋白（trpC）、組氨酸硫酸銨氨谷丙轉(zhuǎn)氨酶（hisC）、硫酸銨庚糖異構(gòu)酶（gmhA）、帶有CBS結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)（ABP76571.1）、氮管控蛋白質(zhì)PtsN（ABP74443.1）、伴侶蛋白（htpG）。在其中組氨酸蛋白激酶是一個磷酸化組氨酸傳統(tǒng)殘基的訊號傳輸酶大家族，參加組成組份數(shù)據(jù)信號傳輸系統(tǒng)軟件。組份數(shù)據(jù)信號傳輸系統(tǒng)軟件能夠磁感應(yīng)環(huán)境破壞，解決環(huán)境破壞造成的負(fù)面影響，研究表明一些組份信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)軟件參加了病菌的超低溫融入全過程，推斷腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)與體細(xì)胞對挫折的融入相關(guān)。DNA聚合酶是DNA復(fù)制的關(guān)鍵酶，冷激蛋白質(zhì)很有可能與DNA復(fù)制相關(guān)。冷激蛋白質(zhì)做為一種伴侶蛋白，很有可能與伴侶蛋白htpG存有競爭關(guān)系。從研究結(jié)果顯示可推斷相比Csp1589和Csp1376，腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)Csp2252的作用很有可能更加繁雜。在很多主要的生命活動中，蛋白質(zhì)功能的實(shí)行取決于蛋白與配位的相互影響，針對蛋白配位融合結(jié)構(gòu)域的預(yù)測分析具備關(guān)鍵的實(shí)際意義。比如：把小分子水放進(jìn)目地蛋白質(zhì)的配位融合結(jié)構(gòu)域，提升配位構(gòu)像和部位，使之和目地蛋白質(zhì)有最好的融合功效，就會有很有可能發(fā)覺抑止該蛋白質(zhì)的化學(xué)物質(zhì)。針對腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)Csp1589、Csp1376和Csp2252，其各自預(yù)測分析到2，2，一個概率較高的配位融合結(jié)構(gòu)域（圖6）。

3 結(jié)果

冷激蛋白質(zhì)是分析病菌超低溫融入的重要蛋白質(zhì)之一。本科學(xué)研究取得成功增加了海產(chǎn)品腐壞希瓦氏菌的3個冷激蛋白質(zhì)遺傳基因，并對其開展生物信息學(xué)剖析，得到蛋白質(zhì)理化性質(zhì)、構(gòu)造和作用領(lǐng)域的有關(guān)進(jìn)度。腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)均為親水性的小分子水酸堿性蛋白，皆坐落于細(xì)胞核，為非代謝型、非跨膜蛋白，都存有冷激蛋白質(zhì)獨(dú)有的冷休克結(jié)構(gòu)域，存有DNA融合結(jié)構(gòu)域和RNA融合基序（motif），能與單鏈DNA和單鏈RNA融合。腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)Csp1589和Csp1376與大腸埃希菌冷激蛋白質(zhì)CspA親緣關(guān)系較近，很有可能在腐壞希瓦氏菌超低溫融入全過程中起主要功效。冷激蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)和三級構(gòu)造均合乎冷激蛋白質(zhì)大家族的特點(diǎn)，其靠譜的三級實(shí)體模型可用作各種各樣連接和藥品靶向治療科學(xué)研究。根據(jù)蛋白質(zhì)互作和配位融合結(jié)構(gòu)域的剖析，對其作用有深入的掌握，為事后認(rèn)證冷激蛋白質(zhì)在腐壞希瓦氏菌超低溫融入全過程中的作用，及其海產(chǎn)品中腐壞希瓦氏菌冷激蛋白質(zhì)緩聚劑的挑選打下基礎(chǔ)。