近日,中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)院南海水產(chǎn)品研究室宋煒研究者協(xié)同華大深海完成了棘頭梅童魚(yú)性染色體水準(zhǔn)基因細(xì)致圖普的制作和基因遺傳分析,科學(xué)研究畢業(yè)論文“Whole genome sequencing and genome-wide studies of spinyhead croaker (Collichthys lucidus) reveals potential mechanisms for well-developed otoliths in the family Sciaenidae”宣布發(fā)布在學(xué)術(shù)刊物《Frontiers in Genetics》上。該科學(xué)研究取得了所級(jí)基本上科學(xué)研究業(yè)務(wù)費(fèi)、浙江關(guān)鍵科研開(kāi)發(fā)方案課題研究、我國(guó)要點(diǎn)科研開(kāi)發(fā)方案課題研究等的支助。
棘頭梅童魚(yú)(Collichthys lucidus)關(guān)鍵分散于西太平洋區(qū),包含泰國(guó)、我國(guó)、朝鮮韓國(guó)西海岸新區(qū)及日本等,是仙河鎮(zhèn)及臨海生態(tài)體系中有著關(guān)鍵生物學(xué)與社會(huì)經(jīng)濟(jì)學(xué)實(shí)際意義的石首魚(yú)科關(guān)鍵組員之一。本探討選用二代測(cè)序、三代測(cè)序和Hi-C轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,拼裝出了含24條性染色體,總長(zhǎng)為817 Mb的棘頭梅童魚(yú)性染色體等級(jí)基因圖普,scaffold N50達(dá)26.58 Mb。根據(jù)拼裝出的基因組序列,共推算出29, 509個(gè)遺傳基因,其中29, 432(占有率99.74%)個(gè)遺傳基因有作用注解信息內(nèi)容。
根據(jù)棘頭梅童魚(yú)基因注解剖析,發(fā)覺(jué)很多基因家族明顯增加,在其中一些與“鈣轉(zhuǎn)錄因子”和不確定性的“耳道作用”相關(guān)。運(yùn)用棘頭梅童魚(yú)、黃魚(yú)和斑馬魚(yú)等其他魚(yú)種的基因數(shù)據(jù)信息,開(kāi)展多序列比對(duì)剖析耳石有關(guān)的遺傳基因,發(fā)覺(jué)棘頭梅童魚(yú)和黃魚(yú)等石首魚(yú)科魚(yú)種與其他魚(yú)種對(duì)比,oc90、otol1a和sparc均帶有基因突變結(jié)構(gòu)域,otop1和sparcl1在石首魚(yú)種中產(chǎn)生正挑選。
南海所宋煒研究者很多年來(lái)對(duì)棘頭梅童魚(yú)種源開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)與運(yùn)用核心技術(shù)實(shí)現(xiàn)了深入分析和不斷科技攻關(guān),確立了棘頭梅童魚(yú)關(guān)鍵人群種源特點(diǎn)和基因遺傳環(huán)境,創(chuàng)建了根據(jù)遺傳基因標(biāo)識(shí)的種源研制技術(shù)性;攻破了棘頭梅童魚(yú)天然的臨產(chǎn)前親魚(yú)采捕和水上人工受精瓶頸問(wèn)題,提升了人力繁殖核心技術(shù)短板,創(chuàng)新了苗種人力培養(yǎng)的工藝方式;在中國(guó)首先培養(yǎng)苗種200余萬(wàn)尾,而且在福建省三都澳、長(zhǎng)江入??诘群S蜻M(jìn)行了苗種的增殖放流。
棘頭梅童魚(yú)基因細(xì)致圖普的進(jìn)行,為其種源維護(hù)與改進(jìn)、演變歷史時(shí)間及石首魚(yú)種耳石產(chǎn)生和生長(zhǎng)的分子結(jié)構(gòu)體系科學(xué)研究帶來(lái)了關(guān)鍵信息基本。
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